2022年1月30日，中国科学院深圳先进技术研究院合成生物学研究所赵国屏-赵维课题组在 Sensors and Actuators B：Chemical 期刊发表题为：RT-RPA-Cas12a-based assay facilitates the discrimination of SARS-CoV-2 variants of concern 的研究论文。

该研究开发了基于RT-RPA和CRISPR-Cas12a联合技术来检测和区分SARS-CoV-2突变体的检测工具——RRCd。该研究通过使用优化的RPA引物以及特异的crRNA， 可快速、准确检测单碱基突变、小片段缺失的变异株（包括N501Y、T478K 以及ΔH69-V70等），在Ct<33的临床样品中能达到100%的准确性。

该技术无需依赖其他仪器，可快速、准确地实现即时核酸检测（POCT），可应用于家用新型冠状病毒及其他核酸病毒检测，相对于抗原-抗体检测具有灵敏度高，发现早的优势。

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图1. SARS-CoV-2突变体核酸检测技术路线图

为了检测本方法对SARS-CoV-2突变变体的特异性和灵敏度，通过设计crRNA并利用优化后的RT-RPA引物分别对SARS-CoV-2假病毒及其含有SARS-CoV-2中ΔH69-V70，N501Y和T478K等突变假病毒进行测定。结果显示该方法可以很容易地区分了S蛋白中的突变，包括首次报道的Beta谱系的N501Y（图2A）和最近报道的Delta和Omicron谱系的T478K（图2C）。此外，它还可以区分S基因上的小缺失，例如来自Alpha和Omicron谱系的ΔH69-V70（图2E）。为了确定本方法的灵敏度，分别对用于通用检测的E基因以及S基因的N501、Y501、T478和K478进行检测。结果显示，所有靶标区域（E基因、N501、Y501、T478和K478）的检测线约为10个拷贝，相当于RT-qPCR检测Ct值为35。

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图3. 对SARS-CoV-2突变体临床样品的特异性检测

中科院深圳先进院合成生物学研究所赵国屏院士、赵维副研究员，上海国际旅行卫生保健中心副主任田桢干为论文共同通讯作者，中科院深圳先进院合成所的研究助理唐桂月、上海国际旅行卫生保健中心张子龙博士及中科院深圳先进院合成所的助理研究员谭为为共同第一作者。该研究得到王金教授、戴珩博士和杨晓楠博士的建议和帮助，得到张先恩教授课题组提供的假病毒支持。该研究得到国家科技部重点研发计划、中科院先导b、国家自然科学基金委、深圳合成生物学创新研究院等多个项目支持。