单纯眼肌型重症肌无力因为对患者产生的病理影响不太，在治疗期间需要考虑到病人的病情和生活方式、职业、经济情况等。例如，若家庭妇女患眼肌型MG并对吡啶斯的明部分有效，就不必再加用免疫抑制剂。若发生于司机或医师，由于对视力和外观的要求，需要更积极的治疗。
现有经验表明，在所有免疫抑制剂中糖皮质激素治疗眼肌型的效果最好，起效也最快，激素治疗眼肌型MG的方案并无统一，一般主张10-20mg强的松每日顿服开始，每隔几天增加剂量直至症状改善。半数以上病人在激素减量时，特别是短程治疗后立即减量者会病情复发。回顾性研究表明激素治疗可以降低发展为全身型的风险，但需要前瞻性研究的证实。
单纯眼肌型重症肌无力合并胸腺瘤者仍建议行手术切除瘤体，此举的主要目的是解决胸腺瘤本身而非重症肌无力。而单纯眼肌型合并胸腺增生者一般不建议行手术治疗，因为手术本身对人体的伤害远远超过眼肌型重症肌无力本身，任何医疗措施都需权衡风险获益比，此举风险远大于获益，所以不主张在单纯眼肌型患者中切除胸腺，当然若进展至全身型则另当别论!