在生育年龄妇女的卵巢常会发现有小囊肿，如滤泡囊肿、黄体囊肿等，多为单侧，一般都较小，直径不超过5Cm，她们与排卵有关，随着月经来潮常可以自行缩小或消失，我们称它为生理性囊肿，是正常现象。还有一些卵巢囊肿是由子宫内膜异位症引起的，常伴随不同程度的痛经，因为囊肿内含有咖啡色粘稠液体故被称为“巧克力囊肿” ，这也不是肿瘤。
当然有的卵巢囊肿确实就是一些囊性的卵巢肿瘤。有的囊肿内充有液体，有的囊肿内除了液体外还有实性的部分，B超检查会提示卵巢有“液性占位”或“混合性肿块”。这样的卵巢囊肿不会自行消失，他们会持续存在或逐渐增大，出现这种情况，无论是否有不适感觉，都必须引起重视。
在生育年龄的妇女如果发现直径小于5Cm的卵巢囊肿，B超提示完全是液性的，不要过于担心，也不必马上考虑手术，可以随访观察3个月，再选择月经干净后立即复查B超。常有这种情况，随访3个月后复查，原有的囊肿消失了，于是一切困扰皆烟消云散了。
如果伴有痛经、不孕等其他症状，医生诊断为卵巢巧克力囊肿者，则需根据情况采用药物治疗或手术治疗了。
以下情况要考虑卵巢肿瘤可能：
卵巢囊肿较大，直径超过5Cm的；卵巢囊肿虽较小，直径未超过5Cm，但随访3个月以上囊肿不消失或不缩小，或者反而增大的；B超发现囊肿是部分囊性部分实性的，或是实性的；绝经后妇女发现卵巢囊肿的；因为绝经后妇女已无排卵，卵巢萎缩，一般不再有生理性囊肿，此时的囊肿多考虑病理性的了。