Cancer Discov:基因组学、片段组学、甲基化组学“三位一体”,多模态cfDNA分析可高灵敏度识别早期癌症

时间:2023-11-22 11:24:23   热度:37.1℃   作者:网络

导读

Li-Fraumeni Syndrome综合症(LFS)主要由肿瘤抑制基因TP53的致病性胚系变异引起,是一种罕见、外显率可变的癌症易感性综合征。LFS患者从儿童时期开始就具有非常高的患癌风险,几乎为100%。与LFS相关的常见癌症包括:软组织肉瘤、骨肉瘤、脑肿瘤、乳腺癌和肾上腺皮质癌等。由于患癌风险较高,通过对所有TP53突变(TP53m)携带者进行密集的监测,有助于更早发现癌症并改善预后。 

细胞游离DNA(cfDNA)分析,又被称为“液体活检”,能够基于患者血浆识别肿瘤相关的基因突变及特征,可用于一系列临床应用,包括早期癌症检测,是监测高危遗传性癌症综合征(HCS)患者的有力工具。

近期,加拿大玛嘉烈公主癌症中心等单位的研究人员合作在Cancer Discovery杂志上发表了题为“Early Cancer Detection in Li-Fraumeni Syndrome with Cell-Free DNA”的文章。研究团队分析了来自89名TP53m携带者193份血液样本的cfDNA,开发了一种多模态分析方法。该方法结合靶向Panel测序(TS)、低深度全基因组测序(sWGS)和游离甲基化DNA免疫共沉淀测序(cfMeDIP-seq),可在广泛的癌症谱中检测各种癌症相关的信号。研究结果表明,与单模态方法相比,多模态cfDNA分析方法可以更早发现Li-Fraumeni综合征患者中的癌症,并补充了目前的临床监测方法,能够为这些患者提供更好的保护。

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文章发表在Cancer Discovery

主要研究内容

cfDNA中基因变异的检测

研究团队从玛格丽特公主癌症中心、多伦多儿童医院招募了89名TP53m携带者,并将其分为三类:①从未患过癌症的TP53m携带者(LFS-H);②无癌且有既往癌症史的TP53m携带者(LFS-PC);③患有活跃性癌症的TP53m携带者(LFS-AC);LFS-H和LFS-PC的样本被归类为癌症阴性。有42名参与者接受了长期检测,每个人提供了2-11个样本,其他参与者只提供1个样本,最终收集了193份血液样本。此外,研究团队还收集了30名健康TP53野生型个体的血液样本作为健康对照。

有23份样本DNA含量(100~10ng)较少,因此未进行测序。研究团队首先对来自82名TP53m携带者的170份剩余样本和30名健康对照样本分别进行TS、sWGS和cfMeDIP测序,以单独评估不同分析方法在检测ctDNA方面的性能,然后进行多模式和纵向分析。

通过对来自69个TP53m携带者的118个血浆样本进行TS,利用胚系变异鉴定,研究团队共鉴定出109个胚系TP53变异(SNV/indel)。在未检测到胚系SNV/indel变异的样本中,研究团队使用panelcn.MOPS和VisCap进行靶向panel拷贝数分析,在7例患者中确定了胚系TP53拷贝数变异(CNV)。总体而言,研究团队在116份血浆样本中发现了胚系TP53变异,这与临床胚系检测结果一致

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图1. 样本分类及cfDNA检测。

在来自22个LFS-AC的31份癌症阳性样本中,20份来自晚期癌症(III/IV期),5份来自早期癌症(0/I/II期),6份来自无分期或不明分期肿瘤。研究团队通过TS在13份样本中发现了16个体细胞TP53突变,其中来自晚期癌症患者的有6个,来自早期癌症患者的有3个,检出率分别为30.0%和60.0%

在60个无癌TP53m携带者的癌症阴性样本中,研究团队在11个个体的16个样本中发现了20个体细胞TP53变异。此外,使用ichorCNA对82个TP53m携带者的170个样本进行sWGS拷贝数分析,发现有22个样本具有可检测的肿瘤信息。

综上,共有118个样本同时拥有TS和sWGS数据,其中86个为癌症阴性,32个为癌症阳性。在癌症阳性样本中,TS和sWGS联合分析能够在20个样本中识别出体细胞改变,检出率为62.5%。

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图2. 基于cfDNA检测到的基因组改变。

TP53m携带者拥有更短的cfDNA

已有研究表明,ctDNA富含较短的DNA片段,分析片段长度可以用于检测癌症相关的基因突变。研究团队比较了肿瘤突变的癌症相关片段和健康对照相关片段。结果显示,与野生型片段相比,胚系TP53变异片段的大小分布相似,体细胞TP53突变片段的长度较短;与健康个体相比,TP53m携带者的片段得分更高

为探讨队列中片段长度分布的差异,研究团队比较了来自健康对照、LFS-H和LFS-AC的样本在四个片段长度区间(10-89bp、90-150bp、151-220bp和221-320bp)的中位数分布。与健康对照组相比,LFS-H样本在10-89bp、90-150bp和221-320bp的片段比例增加,在151-220bp的片段比例减少,表明核小体内的碎片增加导致单核小体片段变小,并增加了TP53m携带者中双核小体片段的释放。

与LFS-H样本相比,LFS-AC样本在90-150bp和221-320bp的前半部分片段比例增加,在151-220bp和221-330bp的后半部分片段比例减少。这种不同片段化模式表明,活跃性癌症TP53m携带者的片段长度分布向更短的单核小体和双核小体相关片段转移。

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图3. 基于cfDNA的片段长度分布分析。

多模态cfDNA分析可改善检测结果

研究团队经单独分析发现,不同分析方法均能检测到癌症相关信号,但往往缺乏足够的敏感性。为确定综合方法能否提高敏感性,研究团队比较了38例癌症阳性样本的基因组、片段组和甲基化组分析结果。

结果显示,利用多模态分析方法能够在81.6% TP53m携带者的活跃性癌症样本中检测到癌症相关信号,比每个单独分析提高了31.6%-55.8%。在晚期(III/IV)癌症中,多模态分析方法检出率为91.7%;在早期(0/I/II)癌症中,检出率为50.0%。

此外,在无癌TP53m携带者中,多模态方法的阳性预测值(PPV)为54.2%;阴性预测值(NPV)为95.4%,与单模态分析相比增加16.6-34.6%。上述结果表明,多模态cfDNA分析方法能够高灵敏度识别肿瘤相关突变,优于或与当前的临床筛查方式一致,可以改善和补充目前对TP53m携带者的管理

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图4. 多模态cfDNA分析改进了检测结果。

结语

综上所述,研究团队使用基因组、片段组学和表观基因组方法对来自82个TP53m携带者的170个样本进行了综合分析,揭示了多组学和多模态cfDNA联合检测对HCS(如LFS)早期癌症检测的补充价值。每种检测方法(TS、sWGS、cfMeDIP-seq)都可以检测分析独立的生物信号,当与其他临床筛查方式一起评估时,可提高预测总灵敏度、特异性和稳健性。这提示液体活检可作为一种有价值的诊断前筛查检测,与目前的影像学监测相补充。

据悉,研究团队将进一步测试这种多模态分析方法,并对具有不同类型的高风险HCS患者进行筛查,希望能及早发现癌症。

参考文献

Derek Wong, Ping Luo, Leslie E. Oldfield. et al, Early Cancer Detection in Li-Fraumeni Syndrome with Cell-Free DNA. Cancer Discov 2023. https://doi.org/10.1158/2159-8290.CD-23-0456.https://aacrjournals.org/cancerdiscovery/article/doi/10.1158/2159-8290.CD-23-0456/729598/Early-Cancer-Detection-in-Li-Fraumeni-Syndrome

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